Aus dem Ansatz ergeben sich allerdings weitere Probleme bei der Signalverarbeitung. Da zum Beispiel passive RFID-Tags ihre Energie kabellos vom Lesegerät beziehen, übertragen Reader und Tag zeitgleich auf derselben Frequenz. Zwei weitere Signale, natürlich ebenfalls auf derselben Frequenz, werden zwischen Relais und Tag, bzw. zwischen Relais und Reader übertragen. Diese vier Signale interferieren miteinander.
Erschwerend kommt hinzu, dass die Lokalisierung von Waren optimalerweise mittels eines Arrays aus mehreren einzelnen Antennen erfolgen würde. Aufgrund der Cluster-Anordnung erhält jede Antenne das Signal minimal zeitversetzt und damit phasenverschoben. Aus den Unterschieden der Phase errechnet eine Software den Winkel der Signalübertragung und damit Ort der Signalquelle.
Die Drohne ist allerdings zu klein, um darauf ein Antennen-Array zu installieren. Aber weil sie sich kontinuierlich bewegt und so Signale leicht zeitversetzt erhält, kann sie ein Antennen-Array gewissermaßen "simulieren".
Normalerweise müsste das Signal der Tags vom Relais digital decodiert und für die Übertragung zum Reader recodiert werden, um die Interferenzen zu reduzieren. Leider funktioniert das beim RFly-System nicht. Denn der De- und Recodierungs-Prozess würde die relativen Phasen der Signale verändern und so eine präzise Lokalisierung unmöglich machen.